Im Jahr 2327 ist die Welt unter der United Sovereign World (USW) vereint, einem Bundesstaat, in dem fortschrittliche Technologie allen Komfort bringt. Kulturelle und sprachliche Unterschiede bestehen weiterhin, aber Ungleichheiten in den meisten Bereichen haben sich verringert und nähern sich einem utopischen Ideal. Doch diese Harmonie zerbricht, als Terrorismus – angetrieben von aufeinanderprallenden Religionen und Ideologien – mit Bombenanschlägen, stadtlahmlegenden Hacks und biochemischen Angriffen ausbricht. Die USW erklärt diesen unerbittlichen Bedrohungen den Krieg.

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Eine tödlichere Krise überschattet bald den Terror: spontane Selbstentzündung. Menschen entzünden sich ohne Vorwarnung – Hände, Gesichter, dann ihr ganzer Körper – und verbrennen zu nichts, ohne Asche zu hinterlassen. Die Flammen breiten sich wie eine Seuche aus und verzehren benachbarte Organismen in einer Kettenreaktion. Erstmals aufgezeichnet im September 2325, entzündete sich ein 21-jähriger Mann in einem Hallenbad und löste eine Kaskade aus, die 11 andere verbrannte. Obwohl sie durchnässt waren, verbrannten sie vollständig, doch das Wasser und das Gebäude blieben unberührt. Innerhalb von zwei Jahren werden 200 Menschenleben gefordert.

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Die nationale Behörde der USW, Seraph, deckt die Ursache auf: ein Parasit namens "Kaladon". Er infiziert Menschen, reproduziert sich und breitet sich auf andere aus. Wenn er stirbt, entzieht er dem Wirt die Feuchtigkeit und senkt dessen Zündpunkt, um eine sofortige Verbrennung auszulösen. Wenn ein Parasit stirbt, verbrennen auch seine Nachkommen und ihre Wirte, was die Verwüstung noch verstärkt.

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Um dem entgegenzuwirken, bildet die USW die Elite-Taskforce "Punisher". Öffentlich heißt es, sie würden Kaladon ausrotten und Wirte schützen. In Wahrheit identifizieren sie Verbrennungsauslöser, exekutieren infizierte Wirte und ernten die Parasiten für die Forschung. Dieser rücksichtslose Ansatz bringt eine neue Bedrohung hervor: Einige Parasiten entwickeln sich weiter und verschmelzen mit Wirten, um zu überleben. Diese "Flames" sterben weder noch lassen sie nach und verbrennen Städte zusammen mit ihren Wirten bis zum Ende des Parasiten. Die USW setzt Punishers ein, um sie zu eliminieren.

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Mitten im Terrorismus, der Täuschung von Seraph und der eskalierenden Verbrennungskrise tritt eine Person den Punishers bei und betritt ein Netz von Geheimnissen, das mit Kaladon verbunden ist.