En 2327, le monde est unifié sous l'égide de l'État Souverain Uni (ESU), un État fédéral où la technologie de pointe apporte le confort à tous. Les différences culturelles et linguistiques persistent, mais les disparités dans la plupart des domaines se sont réduites, frôlant un idéal utopique. Pourtant, cette harmonie se fracture lorsque le terrorisme — alimenté par des religions et des idéologies conflictuelles — éclate avec des attentats à la bombe, des piratages paralysant les villes et des attaques biochimiques. L'ESU déclare la guerre à ces menaces incessantes.

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Une crise plus meurtrière éclipse bientôt la terreur : la combustion spontanée. Les gens s'enflamment sans avertissement — les mains, le visage, puis tout leur corps — brûlant jusqu'à disparaître, ne laissant aucune cendre. Les flammes se propagent comme une contagion, consumant les organismes voisins dans une réaction en chaîne. Enregistré pour la première fois en septembre 2325, un homme de 21 ans s'est enflammé dans une piscine intérieure, déclenchant une cascade qui a incinéré 11 autres personnes. Bien qu'ils soient trempés, ils ont brûlé complètement, mais l'eau et le bâtiment sont restés intacts. En deux ans, 200 vies sont fauchées.

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L'agence nationale de l'ESU, Seraph, découvre la cause : un parasite nommé "Kaladon". Il infecte les humains, se reproduit et se propage aux autres. Lorsqu'il meurt, il draine l'humidité de son hôte, abaissant son point d'ignition pour provoquer une combustion instantanée. Si un parasite meurt, sa progéniture et leurs hôtes brûlent également, amplifiant la dévastation.

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Pour contrer cela, l'ESU forme le groupe de travail d'élite "Punisher". Publiquement, on dit qu'ils éradiquent Kaladon et protègent les hôtes. En vérité, ils identifient les déclencheurs de combustion, exécutent les hôtes infectés et récoltent les parasites pour la recherche. Cette approche impitoyable donne naissance à une nouvelle menace : certains parasites évoluent, fusionnant avec les hôtes pour survivre. Ces "Flammes" ne meurent ni ne cèdent, brûlant les villes aux côtés de leurs hôtes jusqu'à la fin du parasite. L'ESU déploie des Punishers pour les éliminer.

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Au milieu du terrorisme, de la tromperie de Seraph et de la crise de combustion croissante, un individu rejoint les Punishers, entrant dans une toile de secrets liés à Kaladon.