2327年、世界は統一され、高度な技術がすべての人に利便性をもたらす連邦国家、統一主権世界（USW）となった。文化や言語の違いは残るものの、ほとんどの分野での格差は縮小し、理想郷に近い状態となっている。しかし、宗教やイデオロギーの衝突に端を発するテロが、爆撃、都市を麻痺させるハッキング、生化学攻撃となって勃発し、この調和は崩壊する。USWは、これらの執拗な脅威に対して宣戦布告する。

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やがて、テロよりも恐ろしい危機が影を落とす。それは、自然発火だ。人々は警告なしに発火し、手、顔、そして全身が燃え尽き、灰も残らない。炎は伝染病のように広がり、連鎖反応で近くの生物を焼き尽くす。最初に記録されたのは2325年9月で、21歳の男性が屋内プールで発火し、11人を焼却する連鎖反応を引き起こした。ずぶ濡れだったにもかかわらず、彼らは完全に燃え尽きたが、水と建物は無傷だった。2年以内に、200人の命が奪われる。

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USWの国家機関であるセラフは、その原因を「カラドン」という寄生虫であることを突き止める。それは人間に感染し、繁殖し、他の人に広がる。それが死ぬと、宿主の水分を奪い、発火点を下げて瞬間的な燃焼を引き起こす。1匹の寄生虫が死ぬと、その子孫とその宿主も燃え上がり、破壊を拡大する。

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これに対抗するため、USWは精鋭部隊「パニッシャー」を結成する。表向きは、カラドンを根絶し、宿主を保護するためと言われている。実際には、彼らは燃焼の引き金を特定し、感染した宿主を処刑し、研究のために寄生虫を採取する。この冷酷なアプローチは、新たな脅威を生み出す。一部の寄生虫が進化し、生き残るために宿主と融合するのだ。これらの「炎」は、死ぬことも諦めることもなく、寄生虫が死ぬまで宿主とともに都市を焼き尽くす。USWは彼らを排除するためにパニッシャーを派遣する。

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テロ、セラフの欺瞞、そしてエスカレートする燃焼の危機の中、一人の人物がパニッシャーに加わり、カラドンにまつわる秘密の網に足を踏み入れる。